En Europe de l'Est, de vastes zones naturelles ont été préservées jusqu'à présent, alors qu'en Europe de l'Ouest, elles ont souvent été détruites depuis des décennies. Depuis la chute du communisme, BirdLife Suisse s'est engagée dans de grands projets en Hongrie et en Bulgarie, mais aussi dans de nombreux projets dans d'autres pays, afin de préserver ces valeurs naturelles. Ainsi, BirdLife Suisse a soutenu l'achat de plus de 5 kilomètres carrés de précieuses zones humides et a encouragé d'innombrables projets individuels pour des régions et des espèces. En Bulgarie, BirdLife Suisse a contribué à la création de deux centres de protection de la nature, Poda et Majarovo, qui jouissent désormais d'une renommée internationale. La collaboration entre BirdLife Suisse, Pro Natura et la DDC a conduit à la mise en œuvre du grand programme bulgare et suisse de conservation de la biodiversité, qui s'est achevé avec succès en été 2004, après dix ans d'activité.
Au cours des deux dernières décennies, BirdLife Suisse s'est concentrée sur la Slovaquie et la Géorgie, tout en continuant à soutenir au cas par cas des projets particulièrement dignes d'être soutenus. En Slovaquie, BirdLife Suisse a parrainé jusqu'en 2014 la Société pour la protection des oiseaux en Slovaquie SOVS (BirdLife Slovakia) et a soutenu en outre des projets de conservation pour la zone humide de Senné, le rollier d'Europe et la grande outarde. En Géorgie, BirdLife Suisse a contribué à la mise en place du partenaire BirdLife SABUKO. BirdLife Suisse a également co-initié et soutenu le programme Caucase de BirdLife International.
Dans le cadre de la contribution suisse à l'élargissement aux nouveaux pays de l'UE, BirdLife Suisse a accompagné activement les projets suivants :
- Bulgarie : «Protection de la nature et développement agricole durable dans les montagnes Stara Planina»
- Pologne : «Avifaune dans les Carpates polonaises: recensement et protection des espèces d'oiseaux clés»
- Slovaquie : Projet sur le thème de l'exploitation durable des terres et de la promotion de la biodiversité
- Deux projets en Hongrie : «Protection durable des sites Natura 2000» et «Rendre populaire les joyaux naturels dans les communes et les protéger de manière durable».
En 2023, BirdLife Suisse a soutenu un projet de revitalisation en Ukraine :
