In Osteuropa sind bisher grossflächige Naturgebiete erhalten geblieben, wie sie im Westen oft schon vor Jahrzehnten zerstört worden sind. Seit der Wende setzte sich BirdLife Schweiz mit grossen Projekten in Ungarn und Bulgarien, aber auch mit vielen konkreten Vorhaben in anderen Ländern für die Sicherung dieser Naturwerte ein. So hat BirdLife Schweiz den Kauf von über 5 Quadratkilometern wertvoller Feuchtgebiete unterstützt und unzählige Einzelprojekte für Gebiete und Arten gefördert. In Bulgarien konnte BirdLife Schweiz mithelfen, die beiden unterdessen international bekannten Naturschutzzentren Poda und Majarovo aufzubauen. Die Zusammenarbeit von BirdLife Schweiz, Pro Natura und DEZA führte zur Umsetzung des grossen Bulgarian-Swiss Biodiversity Conservation Programme, das im Sommer 2004 nach zehnjähriger Dauer mit Erfolg abgeschlossen wurde.
In den letzten zwei Jahrzehnten konzentrierte sich BirdLife Schweiz auf die Länder Slowakei und Georgien, unterstützte aber weiterhin fallweise besonders förderungswürdige Projekte. In der Slowakei war BirdLife Schweiz bis 2014 Pate der Gesellschaft für den Schutz der Vögel in der Slowakei SOVS (BirdLife Slovakia) und unterstützte zusätzlich Schutzprojekte für das Senné-Feuchtgebiet, die Blauracke und die Grosstrappe. In Georgien half BirdLife Schweiz beim Aufbau des BirdLife-Partners SABUKO. BirdLife Schweiz hat auch das Kaukasus-Programm von BirdLife International mitinitiiert und unterstützt.
Im Rahmen des schweizerischen Erweiterungsbeitrags an die neuen EU-Länder hat BirdLife Schweiz die folgenden Projekte aktiv begleitet:
- Bulgarien: «Naturschutz und nachhaltige landwirtschaftliche Entwicklung in den Stara Planina Bergen»
- Polen: «Avifauna in den polnischen Karpaten: Erfassung und Schutz von Schlüssel-Vogelarten»
- Slowakei: Projekt zum Thema der nachhaltigen Landnutzung zur Förderung der Biodiversität
- In Ungarn zwei Projekte: «Nachhaltiger Schutz der Natura 2000-Gebiete» und «Die Naturjuwelen in den Gemeinden populär machen und sie nachhaltig schützen».
2023 unterstützte BirdLife Schweiz ein Renaturierungsprojekt in der Ukraine:
